Si te has vuelto mono haciendo clicks cuando trabajas con Eclipse en Ubuntu 9.10 Karmic Koala, aquí les dejo una solución que encontré por ahí:

Deben crear un pequeño script que configura una variable de entorno y luego llama al binario de eclipse, veamos el script eclipse.sh

#!/bin/sh
export GDK_NATIVE_WINDOWS=1
cd $HOME/Software/eclipse
./eclipse

El problema (bug) al parecer es en cómo Eclipse a través de SWT hace uso de las librerías de GTK dejando inhabilitado las acciones de los botones y otros componentes como por ejemplo los árboles desplegables con checkbox (ventana de los updates).